Il principe Federico Cesi fondò a Roma nel 1603 un sodalizio con tre giovani amici, l'olandese Giovanni Heckius (italianizzato in "Ecchio"), e gli umbri Francesco Stelluti e Anastasio de Filiis, denominando la loro compagnia come “Accademia dei Lincei”, per l'eccezionale acutezza di sguardo attribuita alla lince, presa a simbolo della compagnia di studiosi. Oggetto dello studio degli accademici, nel disegno del Cesi, erano tutte le scienze della natura, da indagarsi con libera osservazione sperimentale, liberi da ogni vincolo di tradizione e autorità. È questa la gran novità che caratterizza fin dal loro nascere i Lincei, tra la folla di Accademie di cui fu ricca la società italiana del Cinquecento e Seicento: l'interesse portato essenzialmente sulle scienze della natura (la maggior parte delle altre Accademie era invece di carattere letterario) e un atteggiamento di rispetto ma non di vincolo nei confronti della precedente tradizione aristotelico-tolemaica, che la nuova scienza sperimentale rimetteva talora in discussione.

All’Accademia legò il proprio nome Galileo. Affiliato al sodalizio, il fondatore della moderna scienza sperimentale in seno all’Accademia aveva pubblicato lo studio sulle Macchie solari (1613) e il Saggiatore (1623).

La intensa attività del fondatore, il Cesi, fu bruscamente interrotta dalla morte, che lo colse ad appena 45 anni nel 1630. L'Accademia, sbandò e si isterilì.

Al nome e agli intenti della prima Accademia dei Lincei si rifece un gruppo di scienziati – alcuni ricercatori di chimica e fisica sperimentale guidati da Feliciano Scarpellini – che fin dal 1795 si riunivano presso il Collegio Umbro-Fuccioli. Alla loro attività diede impulso il matematico ed enciclopedista francese Gaspard Monge, a Roma durante la Repubblica del 1798-1799. Divenuta dunque un’istituzione dichiaratamente filofrancese, l’accademia fu soppressa nel 1800 con la restaurazione pontificia. Nel 1801 tuttavia Pio VII decise di ricostituire il sodalizio che aveva guadagnato prestigio sotto i francesi, affidandone la segreteria allo Scarpellini ed aprendola ai professori dell’Università Gregoriana, oltre che dell’Archiginnasio Romano. Si diede così corso sotto l’egida della cattedra di fisica sacra, creata nel 1814 per lo stesso Scarpellini alla Sapienza, a quel programma di apologetica cattolica attraverso l’impiego delle conoscenze scientifiche che fu al centro del progetto politico di restaurazione culturale della teocrazia pontificia dopo il periodo napoleonico. Leone XII le destinò nel 1826 una sede prestigiosa nel Palazzo Senatorio in Campidoglio, Pio IX consolidò il carattere istituzionale dell’accademia attribuendole la denominazione di “Pontificia Accademia dei Lincei” e nuovi statuti nel 1847.

L'ultimo e definitivo restitutor dell'Accademia dei Lincei si ebbe però dopo il '70 con Quintino Sella, lo statista e scienziato piemontese; nel riaffermato ideale della scienza laica quale primario valore da coltivare in Roma italiana, il Sella ridiede vita nel 1874 alla gloriosa istituzione lincea, che assunse le qualifiche di "nazionale" e "reale". La larga e lungimirante visione del Sella volle ampliato l'ambito delle scienze lincee: dalle discipline fisiche, matematiche e naturali, alle scienze umanistiche (storia, filologia, archeologia, filosofia, economia, diritto). Ancora oggi l'Accademia dei Lincei consta dunque di due classi, una per le scienze fisiche e l'altra per le morali, in ognuna delle quali l'ultimo statuto prevede un numero massimo di 90 Soci nazionali e altrettanti corrispondenti e stranieri annualmente cooptati. Con questa struttura, rimasta nelle sue grandi linee immutata, i Lincei  rappresentano il più antico e prestigioso consesso della scienza europea e internazionale.

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