Nato a Foligno nell’ottobre del 1762, astronomo attivo e appassionato, venne a Roma nel 1782 ad insegnare scienze fisico-matematiche agli studenti del Collegio Romano. Nel 1801, coadiuvato da Francesco Caetani e da Gioacchino Pessuti, rifondò l’antica Accademia dei Lincei che chiamò “Nuovi Lincei” proprio per evidenziare la continuità con l’accademia fondata nel 1603 dal principe Federico Cesi.
Venne chiamato dal duca Caetani, appassionato di astronomia, a dirigere la specola da lui fatta costruire nel 1775 sul suo palazzo di via delle Botteghe Oscure. In essa, oltre agli studi astronomici, si svolgevano importanti lavori di ricerca nel campo della meteorologa e della sismologia: tra gli strumenti, l’osservatorio possedeva per esempio il primo registratore di sismi che l’Italia abbia mai avuto, un sismometro a mercurio inventato nel 1784 da Atanasio Cavalli. Prima del loro trasferimento in Campidoglio, il duca Caetani ospitò nel suo palazzo anche la rifondata Accademia dei Lincei e la strumentazione dello Scarpellini. Questi infatti, oltre che astronomo fu anche un bravo costruttore di strumenti astronomici: ancora oggi sono conservati nel Museo dell’Osservatorio romano di Monte Mario un grande quadrante murale, un telescopio riflettore e alcuni teodoliti.
Nel 1814 Pio VII gli affidò la cattedra di fisica sacra e astronomia all’Università la Sapienza. La cattedra, istituita dal pontefice su disegno del cardinal Ercole Consalvi, estimatore di Scarpellini e vero artefice della politica culturale dello Stato Pontificio, fu l'espressione tangibile al tempo stesso del tentativo di apertura della Chiesa alla scienza e del clima di restaurazione che si stabilì a Roma nei primi decenni dell'Ottocento. L'insegnamento venne istituito "per far conoscere le moderne scoperte della scienza, onde ingrandire le idee che ci offrono la magnificenza e l'ordine di tutto il creato, ed affinché tali cose non s'ignorino da chi deve rispondere all'abuso che di esse fa la miscredenza". La cattedra di fisica sacra doveva operare una funzione di controllo sulle scienze per sottrarle alla influenza delle filosofie materialistiche e positivistiche di derivazione illuministica.
Nel 1823 Leone XII, riordinando l’organizzazione degli studi universitari con la bolla Quod divina sapientia, volle che l’Archiginnasio Romano (l’Università della capitale pontificia) fosse dotato di un suo osservatorio astronomico e ne incaricò lo Scarpellini. Dopo la costruzione della specola, collocata sulla torre di Nicolò V nel Palazzo Senatorio in Campidoglio, questi ne assunse la direzione fino alla morte avvenuta a Roma il 29 novembre 1840.
Poco prima di morire Scarpellini aveva ceduto per 1000 scudi alla Camera Apostolica tutto il contenuto del Gabinetto Fisico-Astronomico del Campidoglio, cioè la sua collezione di macchine e strumenti fisici ed astronomici, che confluirà poi nel Gabinetto fisico della Sapienza. Nel Museo di Fisica è conservato l’atto di vendita in cui sono descritti 240 degli oggetti venduti, suddivisi in sei camere piu’ l’osservatorio.

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